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CALCUL MIX PCR


Information sur la source

Catégorie :Divers Classé sous : calcul, biologie, moléculaire, PCR, Mix Niveau : Débutant Date de création : 27/11/2008 Date de mise à jour : 30/11/2008 16:14:43 Vu / téléchargé: 990 / 20

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Description

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Ce petit programme permet aux biologistes moléculaire de Calculer leur mix PCR sans la moindre difficulté. Il suffit d'entrer le nombre d'échantillons et/ou quelques paramètres spécifiques pour voir le calcul détaillé s'afficher!
 

Source

  • #!/usr/bin/python
  • # -*- coding: utf-8 -*-
  • #code source python mix PCR
  • print "Ce programme vous permet de calculer vos mix PCR"
  • print "Voulez-vous utiliser les options par défaut? (o/n)"
  • choix=raw_input()
  • if choix=="o":
  • print "Le calcul se fait sur base d'une réaction dans 25µl avec 2,5µl d'échantillon"
  • print "Les réactions sont considérées avec de la taq DNA Polymérase classique"
  • print "Entrez le nombre d'échantillons"
  • i = raw_input()
  • n=int(i)
  • s=n/10
  • s=int(s)
  • tot= n+s+1
  • print "Vous avez donc", n, "échantillons + ", s ,"sécurités et 1 blanco"
  • print "Soit",tot,"échantillons."
  • print "Calcul:"
  • print""
  • print "Amorce F: 0.5µl x ", tot, " = ", tot*0.5,"µl"
  • print "Amorce R: 0.5µl x ", tot, " = ", tot*0.5,"µl"
  • print "Buffer : 2.5µl x ", tot, " = ", tot*2.5,"µl"
  • print "Taq : 0.25µl x ", tot, " = ", tot*0.1,"µl"
  • print "H20 :18.75µl x ", tot, " = ", tot*18.9,"µl"
  • print ""
  • print "soit 22,5µl par tube PCR + 2.5µl d'échantillon"
  • raw_input()
  • elif choix == "n":
  • print "choisissez le volume d'échantillon à ajouter"
  • ench= raw_input()
  • ech=float(ench)
  • print "Choisissez le volume réactionnel"
  • voln=raw_input()
  • vol=float(voln)
  • am=vol/50
  • buf=vol/10
  • taq=vol/100
  • eau=vol-am-am-buf-taq-ech
  • print "Quel est le nombre d'échantillons?"
  • nn=raw_input()
  • n=int(nn)
  • s=n/10
  • tot=n+s+1
  • amt=am*tot
  • buft=buf*tot
  • taqt=taq*tot
  • eaut=eau*tot
  • volm=(amt+amt+buft+taqt+eaut)/tot
  • print "Vous avez donc",n, "échantillons + ",s,"sécurités et 1 blanco"
  • print "Soit",tot,"échantillons"
  • print "Calcul"
  • print""
  • print "Amorce F: ", am,"µl x ", tot, " = ",amt,"µl"
  • print "Amorce R: ", am,"µl x ", tot, " = ", amt,"µl"
  • print "Buffer : ",buf,"µl x ", tot, " = ",buft,"µl"
  • print "Taq : ",taq, "µl x ", tot, " = ",taqt,"µl"
  • print "H20 : ",eau,"µl x", tot, " = ", eaut,"µl"
  • print""
  • print "Soit",volm,"µl par tube PCR"
  • raw_input()
  • else:
  • print"erreur"
#!/usr/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-
#code source python mix PCR



print "Ce programme vous permet de calculer vos mix PCR"
print "Voulez-vous utiliser les options par défaut? (o/n)"
choix=raw_input()
if choix=="o":
    print "Le calcul se fait sur base d'une réaction dans 25µl avec 2,5µl d'échantillon"

    print "Les réactions sont considérées avec de la taq DNA Polymérase classique"

    print "Entrez le nombre d'échantillons"

    i = raw_input()

    n=int(i)

    s=n/10

    s=int(s)

    tot= n+s+1

    print "Vous avez donc", n, "échantillons + ", s ,"sécurités  et 1 blanco"

    print "Soit",tot,"échantillons."
    print "Calcul:"
    print""
    print "Amorce F:  0.5µl x ", tot, " = ", tot*0.5,"µl"
    print "Amorce R:  0.5µl x ", tot, " = ", tot*0.5,"µl"
    print "Buffer  :  2.5µl x ", tot, " = ", tot*2.5,"µl"
    print "Taq     : 0.25µl x ", tot, " = ", tot*0.1,"µl"
    print "H20     :18.75µl x ", tot, " = ", tot*18.9,"µl"
    print ""
    print "soit 22,5µl par tube PCR + 2.5µl d'échantillon"
    raw_input()

elif choix == "n":
    print "choisissez le volume d'échantillon à ajouter"
    ench= raw_input()
    ech=float(ench)
    print "Choisissez le volume réactionnel"
    voln=raw_input()
    vol=float(voln)
    am=vol/50
    buf=vol/10
    taq=vol/100
    eau=vol-am-am-buf-taq-ech
    print "Quel est le nombre d'échantillons?"
    nn=raw_input()
    n=int(nn)
    s=n/10
    tot=n+s+1
    amt=am*tot
    buft=buf*tot
    taqt=taq*tot
    eaut=eau*tot
    volm=(amt+amt+buft+taqt+eaut)/tot
    print "Vous avez donc",n, "échantillons + ",s,"sécurités et 1 blanco"
    print "Soit",tot,"échantillons"
    print "Calcul"
    print""
    print "Amorce F: ", am,"µl x ", tot, " = ",amt,"µl"
    print "Amorce R: ", am,"µl x ", tot, " = ", amt,"µl"
    print "Buffer  : ",buf,"µl x ", tot, " = ",buft,"µl"
    print "Taq     : ",taq, "µl x ", tot, " = ",taqt,"µl"
    print "H20     : ",eau,"µl x", tot, " = ", eaut,"µl"
    print""
    print "Soit",volm,"µl par tube PCR"
    raw_input()
else:
	print"erreur"
    

Conclusion

A faire:
* réécriture du code pour le rendre plus robuste,
*diversifier le type de réaction


merci pour vos avis
 

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Historique

27 novembre 2008 23:03:20 :
modif de la capture
27 novembre 2008 23:04:11 :
modif de la capture
30 novembre 2008 16:13:17 :
planning
30 novembre 2008 16:14:43 :
objectifs de développement

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